Gunther Hellmann erhielt 1999 den Ruf an die Goethe-Universität in Frankfurt am Main. Neben der Professur leitete er zwischen Januar 2000 und Oktober 2001 die Forschungsgruppe „Internationale Organisationen“ bei der Hessischen Stiftung für Friedens- und Konfliktforschung (HSFK). Im Rahmen des im Herbst 2007 bewilligten Exzellenzclusters „Herausbildung normativer Ordnungen“ wirkt er als „Principal Investigator“, Mitglied des Direktoriums sowie als Koordinator eines Forschungsfeldes mit. Zu seinen zentralen Forschungsthemen zählen Theorien internationaler Beziehungen, insbesondere Pragmatismus, Außenpolitikanalyse, insbesondere deutsche und europäische Außenpolitik, Transatlantische und europäische Sicherheit, Europäische Integration und Demokratie und internationale Beziehungen
